Table 1. The list of P1 primer variants used. The core sequence of T7 promoter is indicated by blue fonts. The 5-nucleotide inserts influencing the P1 primer performance in NASBA are indicated by red fonts.

Primer name

Primer sequence (5′ → 3′)

Relative abundance value

Nucleotide position

–22    –18 –17                                    –1   +1   +3   +4      +8  +9                                    +24

P1_1

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  AAATA  –  TTGGCCCCGGCAGTCT

1.82

P1_4

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  ATAAT   –  TTGGCCCCGGCAGTCT

1.63

P1_68

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  AGAAG  – TTGGCCCCGGCAGTCT

1.33

P1_155

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  AGTTG  –  TTGGCCCCGGCAGTCT

1.10

P1_236

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  AACGA  –  TTGGCCCCGGCAGTCT

0.86

P1_355

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  AGAGG  –  TTGGCCCCGGCAGTCT

0.66

P1_444

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  ACTGG  –   TTGGCCCCGGCAGTCT

0.51

P1_513

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  CGAGG  –  TTGGCCCCGGCAGTCT

0.37

P1_617

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  TTGGC  –   TTGGCCCCGGCAGTCT

0.25

P1_700

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  CATCA  –   TTGGCCCCGGCAGTCT

0.03

P1_853

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  GCTGG  –  TTGGCCCCGGCAGTCT

-0.29

P1_948

   AATTC – TAATACGACTCACTATA  –  GGG  –  CGCCC  –  TTGGCCCCGGCAGTCT

-1.30